Bonsoir,
1) Je serais curieux de connaître vos sources car, malgré des heures de recherches dans mes multiples grammaires, je n'ai trouvé aucun usage de l'indicatif, tout au moins dans le contexte que vous évoquez. En effet, "plutôt que" est suivi normalement de l'infinitif ou du subjonctif.
Ex.: il préfère mourir plutôt que d'avouer son crime / J'aime mieux tous les malheurs, plutôt que vous souffriez par ma faute (exemple du Robert).
L'indicatif s'emploie après "plutôt que" dans des phrases contenant une comparaison, du type : "Il crie plutôt qu'il ne chante" (c'est-à-dire ici : Il ne chante pas, il crie).
>> Votre phrase "je préfère le faire moi-même plutôt que tu ne le fais" me semble donc très étrange car même Le français correct de Grevisse ne parle pas d'un tel cas...
2) En ce qui concerne "malgré que", on peut utiliser (dans un usage littéraire) "malgré que j'en aie, qu'il en ait" dans le sens de "malgré mes (ses) réticences, mes (ses) hésitations" et dans ce sens uniquement. Par exemple :. « J'étais, malgré que j'en eusse, obligé de passer dans des endroits très agités » (Duhamel). On ne peut donc pas écrire (ni dire) : "Il a acheté des pommes et, malgré qu'il en ait, il ne veut pas m'en donner" car la phrase aurait ici le sens de "bien qu'il en ait".
Retenez que "malgré que" ne s'emploie pas dans d'autres cas que celui-ci !
3) Pour "espérer que", Tania a raison (usage du futur).
4) Un petit clin d'œil pour Margot enfin, on écrit : "je n'avais pas pensé"
Bonne soirée à tous,
Docteur Linguo.